Liečba relapsu, ataku ochorenia nezávisí od prítomnosti či neprítomnosti aktuálne prebiehajúcej liečby a mala by začať čím skôr. Odporúča sa podávať metylprednisolon (kortikoidy) vnútrožilovo alebo perorálne, dávky v rozmedzí  3 až 5 gramov. Potom by malo nasledovať postupné znižovanie dávok trvajúce 5 - 10 dní. Náhle vysadenie liečby môže vyvolať tzv. „rebound fenoménom“ recidívu ťažkostí. Opatrní sme u pacientov s diabetes mellitus alebo kardiovaskulárnymi komorbiditami, kde celková dávka kortikoidov môže byť nižšia.

Lieky prvej voľby sú interferon beta Ia, Ib a glatiramer acetát. V najbližšej dobe bude na Slovensku dostupná aj liečba teriflunomidom a dimetylfumarátom.

Interferóny beta (IFN) sú dostupné v subkutánnej a intramuskulárnej forme (Betaferon 250 I.U. s. c. obdeň, Rebif 22 mcg/44 mcg s. c. 3 x týždenne, Avonex 30 I.U. i. m. 1 x týždenne). Ich podávanie predstavuje liečbu, ktorá má schopnosť znížiť počet relapsov, oddialiť progresiu ochorenia a predĺžiť dĺžku dožitia. Efektivita interferónov v znížení počtu relapsov sa pohybuje od 27 do 34 %. Sledovanie vzniku nových lézií v MR obraze ukázalo účinnosť INF pri udržaní stabilného počtu lézií a pri zabránení vzniku nových pri porovnaní s účinkom placeba. Najvyššia efektivita liečby je v skorých štádiách ochorenia, preto je racionálne začať liečbu už po prvom relapse ochorenia. Začatie liečby v tejto fáze môže viesť k viac ako k 50 % zníženiu rizika vzniku relaps-remitujúcej formy SM.
Podávanie INF je spojené s vedľajšími účinkami, ktoré znižujú adherenciu, to je ochotu a výdrž pacientov pri liečbe. Jedná sa o chrípke podobnú reakciu charakterizovanú zvýšením telesnej teploty nad 38 °C, bolesťami svalov a hlavy, triaškou a zimnicou. Tieto reakcie sú výrazné po prvých podaniach farmakoterapie, postupom času sa ich intenzita znižuje. Medzi ďalšie vedľajšie účinky patrí možné zníženie počtu bielych krviniek u niektorých pacientov a zvýšenie pečeňových testov.

Glatiramer acetát (GA) je molekula úplne odlišná od interferónov. Je zložená zo štyroch aminokyselín, ktoré napodobujú myelin-bázický proteín (glutamát, lysín, alanín, tyrosín), nazýva sa aj kopolymér. Účinnosť GA je napriek inému mechanizmu účinku veľmi podobná účinkom INF. Z výsledkov štúdií je potvrdené zníženie počtu relapsov pri GA v 29 %, pri začatí liečby v ranných štádiách ochorenia sa efekt na zníženie počtu relapsov ukazuje v 33 %. GA vedie k stabilizácii alebo zlepšeniu skóre podľa Kurtzkeho EDSS škály a pomáha spomaľovať progresiu ochorenia. V MR obraze pacientov liečených GA je nižšia tvorba chronických demyelinizačných ložísk. Efektivita GA bola overená v dlhodobom 15 ročnom sledovaní pacientov. Na rozdiel od INF nie je injekčná aplikácia lieku spojená so zvýšenou teplotou, bolesťou a slabosťou svalov, teda príznakmi podobnými chrípke. V mieste vpichu býva lokálna reakcia, ako začervenanie spojené s pocitom mierneho pálenia. Niekedy sa môže po aplikácii liečiva prechodne zvýšiť pulzová frekvencia a krvný tlak, čo môže u pacientov vyvolať pocit úzkosti. Tento príznak nie je konštantný a nemá žiadne zdravotné dôsledky. Dôvodom pre zníženú adherenciu k liečbe býva predpísaná frekvencia podávania lieku 1 x denne.

Teriflunomid je imunomodulačný liek s protizápalovými účinkami. Podáva sa v tabletovej forme 1 x denne. V štúdiách sa ukazuje jeho účinnosť na zníženie počtu relapsov 31,5 %, na spomalenie progresie ochorenia 29,8 %, čo sú podobné výsledky ako pri IFN alebo GA.
Z vedľajších účinkov lieku sa môže objaviť nauzea alebo hnačka v prvých troch mesiacoch podávania, mierne zvýšenie krvného tlaku či oportúnne infekcie. Liek je teratogénny, nemal by sa podávať pacientom plánujúcim graviditu, ani ženám a ani mužom, ktorí plánujú potomstvo.

Dimetylfumarát je tiež imunomodulačný liek s protizápalovými účinkami a s dobrým bezpečnostným profilom. Podáva sa v tabletovej forme 2 x denne. Výsledky štúdií sú sľubné, efekt lieku na zníženie počtu relapsov bol viac ako 50 %, redukcia progresie o 38 %. Výsledky MR vyšetrení sú povzbudivé, pretože ukazujú podstatné zníženie počtu a aktivity lézií CNS.
Z vedľajších účinkov pacientov najviac zaťažovali zažívacie ťažkosti, ktoré boli výrazné v prvých mesiacoch liečby. Druhým príznakom bolo začervenanie telesného povrchu trvajúce asi 30 minút.

Druho-líniová farmakoterapia má dokázanú vyššiu účinnosť liečby, ale menej priaznivý bezpečnostný profil. Liečba liekmi z uvedenej línie je indikovaná v prípade zlyhania, zníženia účinnosti 1. líniovej liečby (IFN, GA). Odporúča sa u pacientov, u ktorých by zotrvávanie na 1. líniovom preparáte neviedlo k potrebnej kontrole ochorenia a hrozí progresia neurologického deficitu. K takému javu môže dôjsť v dôsledku tvorby neutralizačných protilátok proti IFN alebo znížením biologickej dostupnosti lieku pri zmene jeho molekulárnych mechanizmov. Pacienti s vysoko aktívnou formou SM, kde dochádza k častým atakom ochorenia a rýchlej progresii neurologického deficitu sú indikovaní na liečbu 2. líniovým preparátom hneď v začiatočných štádiách ochorenia.
 
Natalizumab je monoklonálna protilátka proti integrínom, látkam ktoré sú nevyhnutné pre presun aktívnych imunitných buniek cez hematoencefalickú bariéru. Účinne bráni ich prestupu do CNS, čo vedie k útlmu zápalového autoimunitného procesu, pričom má nervový systém dostatok času na reparáciu zničených úsekov myelínu a na regeneráciu nervových vláken. Zníženie progresie ochorenia, ktoré sa meria znížením počtu relapsov bolo v štúdiách o 68 %, zníženie rizika trvalého zneschopnenia v 42 %. Veľmi významný účinok liečiva sa zistil pri sledovaní zmien v MR obraze mozgu a miechy, kde u liečených pacientov sa znížil počet nových a aktivita lézií až v 92 % prípadov. Natalizumab zabezpečuje dlhodobú remisiu SM vo všetkých sledovaných parametroch. Liek má veľmi dobrú priamu tolerabilitu. Podáva sa 1 x  mesačne vo vnútrožilovej infúzii. Jedinou, ale závažnou možnou komplikáciou jeho podávania je vznik progresívnej multifokálnej leukoencefalopatie (PML) u senzitívnych pacientov s SM. Pacienti, ktorí sa v predchorobí stretli s papovavírusom nazývaným podľa objaviteľa JC vírus (John Cunningham), a najmä tí, ktorí boli v minulosti okrem toho liečení imunosupresívnou liečbou majú riziko vzniku PML vysoké (3,36 prípadov na 1000 liečených/doteraz bolo na celom svete potvrdených 398 prípadov pri 118 100 liečených pacientoch).

Fingolimod je druhý 2. líniový liek, ale prvý perorálny, ktorý je schválený na liečbu relaps-remitujúcej SM. Vplyvom fingolimodu sú biele krvinky zadržané v lymfatických uzlinách a nemôžu sa preto uplatňovať pri autoimunitných procesoch v CNS. Účinnosť liečiva bola dokázaná pri znížení počtu relapsov o 54 % a pri znížení progresie ochorenia o 30 %. Liečba fingolimodom viedla k spomaleniu progresie atrofie mozgu o 35 % pri porovnaní s placebom. Je to dobre tolerovaný liek. Z vedľajších účinkov bývajú prítomné oportúnne infekcie, zvýšenie pečeňových testov a makulárny edém. Prvý deň podania lieku hrozí pokles frekvencie srdcovej činnosti v dôsledku väzby fingolimodu na špecifické receptory v srdci a veľkých cievach. Počas prvých hodín sa vyžaduje kardiovaskulárny monitoring.

Ďalšou monoklonálnou protilátkou, ktorej účinnosť dokázali viaceré štúdie, je alemtuzumab. Je namierený proti povrchovým znakom bielych krviniek, lymfocytov (CD52). Zníženie počtu relapsov bolo u 49,5 % pacientov, vplyv na progresiu bol v 42 % prípadov. Pri vnútrožilovom podávaní alemtuzumabu sa vyskytujú infúzne reakcie, ktoré sa odporúča tlmiť podaním kortikoidov. Z ďalších vedľajších účinkov je to vyšší sklon k infekciám a riziko vzniku druhotných autoimunitných ochorení, ktorých vznik hrozí po ukončení kompletnej liečby. Z vedľajších autoimunít sa najčastejšie vyskytuje tyreoiditída, trombocytopénia a autoimunitná glomerulonefritída.